Su obra literaria
En mayo de 1867 apareció en Bogotá su obra cumbre, María, novela que alcanzó un éxito inmediato, hasta el punto de alcanzar más de veinte ediciones a lo largo del siglo XIX. Los críticos literarios la han reconocido como la mejor novela romántica de América Latina, y le ha merecido a su autor el lugar que en la historia literaria corresponde a los clásicos universales.
La anécdota de la obra, narrada en primera persona por el protagonista, es mínima. Efraín, terminados sus estudios, regresa a la hacienda paterna, en el valle del Cauca; allí encuentra de nuevo a su prima María, joven de quince años, adoptada por la familia. El amor, primero levemente insinuado, se convierte después en una pasión avasalladora, mientras sombríos presentimientos (la enfermedad de María, la misteriosa ave) anuncian el triste final. El padre del muchacho decide enviar a éste a Inglaterra, para que curse estudios de medicina; al año una carta le anuncia la grave enfermedad de María. Efraín regresa a su casa, pero ya es tarde: los últimos momentos vividos por la amada los conocerá a través de la narración de su hermana Emma.
Casi la totalidad de la obra se refiere a la estancia de Efraín en la hacienda, desde su vuelta del colegio de Bogotá hasta su marcha a Inglaterra. En un admirable "tempo lento" el autor nos presenta, en esta parte central, el mundo idílico de las relaciones entre los dos enamorados, hecho de silencios, equívocos, medias voces, secretos, palabras no pronunciadas, adivinaciones, juegos de manos, miradas... y a su alrededor el escenario real de la tierra del Cauca.
Motivan este doble aspecto, de idilio y realidad, las dos corrientes literarias que confluyen en la novela: la romántica y la realista. La primera proviene del pasado; es la corriente de la novela sentimental, que en la obra tiene su muestra más importante en el exotismo del cuento de esclavos de Nay y Sinar, desarrollado en un marco africano; la segunda, cara al futuro, anuncia algunas características de parte de la novela hispanoamericana, y dentro de ella tiene lugar el máximo acierto de Jorge Isaacs: el descubrimiento del paisaje americano. Problema muy discutido por la crítica ha sido el del valor autobiográfico de la narración: en algunos momentos es indudable que Isaacs nos está dando su experiencia directa y familiar.